El Viceministerio de Ambiente es el responsable de velar y promover el desarrollo de estrategias, políticas y planes que procuren la conservación de la diversidad biológica, in situ y ex situ, así como la distribución justa y equitativa de los beneficios derivados de los elementos de la biodiversidad, para el mejoramiento de la calidad de vida de la población.

El Viceministerio de Energía es el  responsable institucional de la agenda energética nacional, encargado de generar las directrices, asegurar el cumplimiento de las normativas relacionadas con las actividades productivas del sector energético y velar por las competencias legales otorgadas al Minae a fin de promover la evaluación, medición y seguimiento de las obras, actividades y proyectos en ese ámbito.

El Viceministerio de Agua y Mares es el encargado  de la conservación y promoción del uso sostenible de los recursos hídricos, costeros y marinos por medio de la coordinación de políticas, estrategias y planes entre las instituciones competentes hacia la gestión integrada de los recursos, promoviendo la participación de diversos sectores, que permitan abordajes integrales en la gestión de los recursos hídricos, marinos y costeros.

El Viceministerio de Gestión Ambiental es el responsable institucional
de velar por las competencias legales otorgadas al MINAE en materia de gestión
ambiental, promoviendo la evaluación, medición y seguimiento de las obras,
actividades, y proyectos en ese ámbito.