El Viceministerio de Ambiente es el responsable de velar y promover el desarrollo de estrategias, políticas y planes que procuren la conservación de la diversidad biológica, in situ y ex situ, así como la distribución justa y equitativa de los beneficios derivados de los elementos de la biodiversidad, para el mejoramiento de la calidad de vida de la población.

El Viceministerio de Energía y Calidad Ambiental es el responsable institucional de la agenda energética nacional, encargado de generar las directrices, asegurar el cumplimiento de las normativas relacionadas con las actividades productivas del sector energético y velar por las competencias legales otorgadas al Minae a fin de promover la evaluación, medición y seguimiento de las obras, actividades y proyectos en ese ámbito.

El Viceministerio de Agua y Mares es el encargado  de la conservación y promoción del uso sostenible de los recursos hídricos, costeros y marinos por medio de la coordinación de políticas, estrategias y planes entre las instituciones competentes hacia la gestión integrada de los recursos, promoviendo la participación de diversos sectores, que permitan abordajes integrales en la gestión de los recursos hídricos, marinos y costeros.